各國基於本身條件及背景而發展出來之自由貿易港區運作及管理各有不同，我國自由貿易港區則提供兩項其他國家所沒有的功能，即提供商務人士自由進出港區的便利以及在自由貿易港區高附加價值之深層次加工。
如果廠商要以台灣為其實質的全球營運中心，則必須解決海外分支機構人員來台不易的限制，如未能提供適當的替代解決方法，勢必影響所及營運總部的活動就轉移到其他地區進行，造成產業空洞化危機。為便利外籍商務人士進入自由港區從事商務活動，發揮自由港區之功能，除應同時兼顧國家安全與外交平等互惠原則外，亦參照外國護照簽證條例施行細則第七條有關「選擇性落地簽證」之規定，外籍商務人士入境，除依一般簽證、免簽證、落地簽證外，尚得比照緊急案件得由管理機關核轉主管機關（外交部）於三個工作天內辦理「選擇性落地簽證」，憑以入境。
由於深層次加工涉及區內安全管理及加工所產生的價值是否課稅等複雜的管理問題，所以一般其他國家之自由貿易港區內是不准深層次加工，本國自由貿易港區則著眼於創造高附加價值，結合我國製造能力將可相輔相成，締造我國自由貿易港區特有的競爭優勢，貨物經深層加工產生的附加價值更勝於單純的轉運服務數倍。為創造此利基，區內廠商在實務運作上有更大運作及管理自由。
資料來源: 臺灣自由貿易港區網站常見問題
經濟部
經濟部投資促進司
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